Die Thüringer Behörden haben bei den Ermittlungen gegen das Trio des Nationalsozialistischen Untergrunds (NSU), dem Morde und Banküberfälle in mehreren Bundesländern zur Last gelegt werden, gravierende Fehler begangen. Der Vorsitzende der Kommission, die im Auftrag des Thüringer Innenministers Geibert (CDU) die Vorgänge untersucht hat, Gerhard Schäfer, verwandte bezeichnete bei der Vorstellung des Berichts die Arbeitsweise der Behörden als „katastrophal“ und „erbärmlich“. Die Kommission hatte die Vorgänge in Thüringen von Mitte der neunziger Jahre an bis 2002 untersucht. Schäfer war zuvor Vorsitzender Richter am Bundesgerichtshof.

Die Vorwürfe treffen die Polizei, der handwerkliche Fehler vorgehalten werden, und die Staatsanwaltschaft, die in einem Fall Unwissenheit elementarer Regeln der Strafprozessordnung offenbart haben muss. Der Verfassungsschutz hat das Trio nicht als Quelle geführt. Aus dem Verfassungsschutz wurde aber eine andere rechtsextreme Quelle mehrfach vor Ermittlungen der Polizei gewarnt. Insbesondere jedoch hat der Verfassungsschutz deshalb systematisch versagt, da er Informationen über das Trio, die auf ihre Taten hätten schließen lassen, nicht ausgewertet und weitergegeben hat. Gleichwohl lagen dem Verfassungsschutz Hinweise auf ein mögliches terroristisches Vorgehen des Trios schon früh vor.

Im Februar 1998 gab das Bundesamt für Verfassungsschutz den Hinweis an das Thüringer Landesamt, dass das Trio unabhängig vom rechtsextremistischen Thüringer Heimatschutz (THS) agiere, dem es angehört hatte. Das Trio plane im Gegensatz zum THS systematisch Gewalttaten. Im Dezember 1999 schrieb der Militärische Abschirmdienst nach der Befragung einer Quelle, dass sich die Abgetauchten vermutlich nicht den Behörden stellen würden, denn „szeneintern“ werde mit einem Strafmaß von zehn Jahren gerechnet: „Die drei Bombenbastler hätten sich schon auf der Stufe von Rechtsterroristen bewegt, die mit einer gewissen Zielsetzung eine Veränderung dieses Staates herbeiführen wollten.“ Die damals Verantwortlichen, der frühere Innenminister und SPD-Landesvorsitzende Dewes, sowie der damalige Präsident des Verfassungsschutzes, Roewer, beriefen sich nach Schäfers Schilderung in der Anhörung durch die Kommission auf ein Versagen ihrer Erinnerung.

LKA versäumte, die Besitzer der Garagen zu ermitteln

Nach Ansicht der Schäfer-Kommission begingen die Behörden im Verlauf der Durchsuchung dreier Garagen am 26. Januar 1998 mehrere Fehler. In den Garagen vermuteten die Ermittler Utensilien zum Bau von Bomben. Das Landeskriminalamt hatte aber versäumt, die Besitzer der Garagen korrekt zu ermitteln. Zwei Garagen gehörten dem mutmaßlichen Täter Böhnhardt, eine Garage aber hatte Beate Zschäpe von einem Polizeibeamten namens Apel gemietet. Frau Zschäpe ist eine geborene Apel. Die Namensgleichheit war aber Zufall. In Zschäpes Garage lagerten knapp 1,5 Kilogramm Sprengstoff, ohne dass die Polizei zunächst davon wusste. Im Durchsuchungsbeschluss waren alle drei Garagen genannt.