Auch die Bundesregierung setzte sich intensiv für Merten ein. Auf mehr als 200.000 D-Mark sollen sich die Rechtshilfekosten belaufen haben, die dem Außenministerium im Fall Merten entstanden. Bundeskanzler Adenauer sprach den Fall an, als der griechische Premierminister Konstantinos Karamanlis im November 1958 in Bonn zu Besuch war. In Regierungsakten heißt es, Adenauer habe Karamanlis in „sehr deutlicher“ Weise zu verstehen gegeben, „dass auf deutscher Seite die Zusage einer Bereinigung des Kriegsverbrecherproblems (Überstellung von Dr. Merten in die Bundesrepublik und Einstellung der Fahndungsmaßnahmen in Griechenland) als selbstverständlich erwartet werde“.
Ansonsten könne es zu Schwierigkeiten bei der Ratifizierung der geplanten Wirtschaftsvereinbarung beider Staaten kommen. Die klammen Griechen waren an dem Kuhhandel sehr interessiert. Als Gegenleistung für eine deutsche Anleihe versprachen sie, Merten „baldmöglichst“ zu begnadigen. Das geschah im November 1959. Im Jahr darauf sagte Deutschland nach langem Feilschen im Rahmen eines Globalabkommens Entschädigungszahlungen in Höhe von 115 Millionen Mark zu - auf heutige Kaufkraft umgerechnet, entspricht dieser Betrag rund 250 Millionen Euro.
Früher als er erwarten konnte, war Merten wieder auf freien Fuß gekommen. Dankbar zeigte er sich deswegen nicht. Auch Heinemann und Posser waren überzeugt, Merten sei zu Unrecht verurteilt worden, nicht er, sondern andere seien für die Straftaten in Griechenland verantwortlich. Merten wollte sich rehabilitiert sehen und sann zugleich nach Rache am Athener und vor allem am Bonner Establishment, das ihn nach seiner Überzeugung nicht genug unterstützt hatte. Mit Hilfe von Posser begann Merten, Beschuldigungen gegen ranghohe Politiker in Griechenland und Deutschland an die Presse zu lancieren.
Er spielte politisches Schach
Vielen Zeitungen erschienen Mertens Geschichten zu unglaubwürdig. Doch dann bissen das SPD-Blatt „Hamburger Echo“ und schließlich auch der „Spiegel“ an. Merten bezichtigte den griechischen Premierminister, dessen Sekretärin und den griechischen Innenminister der Kollaboration mit den deutschen Besatzern. Die drei seien dafür mit jüdischem Besitz belohnt worden. Die Artikel verursachten in Griechenland Wirbel und belasteten das Verhältnis zu Deutschland abermals.
Eifrig sammelte der amerikanische Auslandsgeheimdienst in beiden Ländern Informationen. Im Bericht der CIA-Agenten heißt es, der „Echo“-Chefredakteur habe angegeben, die Geschichte basiere in Teilen auf Material, das Anwalt Posser aus der Kanzlei Heinemann beigebracht habe. Beim Text des „Spiegels“, so eine andere CIA-Quelle, handle es sich nur um eine „gute Kopie“. Beweise für seine Anschuldigungen hatte Merten nicht. Im November 1961 verurteilte ihn ein griechisches Gericht wegen übler Nachrede in Abwesenheit zu vier Jahren Haft.
